Paarup kirke er bygget i 1100-tallet og indviet til Vor Frue, det vil sige Jomfru Maria. I 1339 blev kirken givet til Sct. Knuds Kloster i Odense, som administrerede den, indtil den efter reformationen overgik til Gråbrødre Hospital som anneks.

Døbefonten er kirkens ældste inventar, fra senromansk tid, omkring 1250.

Altertavlen er fra 1656, og billedet i midten forestiller Jerusalem, malet på træ og foran det en korsfæstelsesgruppe, med Jesus på korset og Jesu moder samt evangelisten Johannes og den knælende Maria Magdalene. Øverst står Kristus med sejrsfanen. 

Det store krucifiks på korets nordvæg hang oprindeligt på triumfbuen ind mod skibet, som det var almindeligt før reformationen. Billederne i krucifiksets fire korsarme forestiller de fire evangelisters symboler. I kirkens sideskib findes to gamle helgenfigurer: Maria med barnet og Sct. Katarina fra Alexandria. Kirkens modelskib ”Håbet” er fra 1947. 

Orglet er bygget af Marcussen og Søn; det har 17 stemmer fordelt på 2 manualer og pedal. 
Kirken har 3 klokker. Den ældste er fra 1496 (Columbus´ tid!) og hedder Anna (Marias mor); den næste er kun få år gammel - fra 1996 - og hedder Kristus. I den er indstøbt det lille relief, der ses på forsiden, tegnet af en tidligere præst ved kirken, Johannes Th. Nielsen. Den 3. klokke fra 2007 er opkaldt efter Maria. Klokken blev finansieret ved en sogneindsamling.